Gordonstoun school основана в 1934 году немецким педагогом, доктором Куртом Ханом. Он родился в Берлине, посещал в свое время университеты Гейдельберга, Геттингена и Оксфорда, а после Первой мировой войны вместе с соратниками основал Салемскую школу в Южной Германии, из-за своих политических взглядов был арестован, однако благодаря помощи влиятельных друзей освобожден. Позже доктор Хан переехал в графство Морей в Шотландии, где обосновался и приобрел поместье Gordonstoun, история которого уходит корнями в XIII век.
Ранее, в 1600 году, здание принадлежало эксцентричному баронету сэру Роберту Гордону III, известному своим увлечением алхимией. Одной из идей баронета было строительство Круглой площади, необычного здания в форме идеального круга. В его честь на территории кампуса построена небольшая церковь Майкла Кирка.
Школа гордится тем, что воспитала в своих стенах 3 поколения британской королевской семьи. В 1934 году в школу поступил принц Греции Филипп, когда ему было 13 лет, и посещал Gordonstoun 5 лет. Принц состоял в школьной общественной службе «Наблюдатели», увлекался морскими прогулками, стал отличным спортсменом по многим видам спорта — хоккей, крикет, возглавлял сборные команды. В старших классах принимал активное участие в награждении ребят с выдающимися достижениями в образовательной модели Курта Хана — «Знак Мурены», что послужило толчком для создания в 1956 году престижной премии на приз герцога Эдинбургского. Награда распространилась по всему миру, став популярной в более чем 140 странах, дав миллионам студентов огромные перспективы от ее участия. На протяжении всей своей жизни принц Филипп вручал золотые награды их гордым получателям.
Учеба оказала на принца глубокое влияние, поэтому его трое сыновей также поступили в Gordonstoun, получая лучшее образование среди детей самого разного происхождения. Принц Чарльз оказался первым членом королевской семьи, который обучался не у репетиторов, проведя свои годы в любви к природе, искусству, служению.
С 1972 года Gordonstoun стала первым учебным заведением, которая перешла на совместное обучение: первые из выпускниц стали первыми женщинами-пожарными Великобритании, так как в школе была собственная пожарная машина, которая выезжала на чрезвычайные ситуации в составе Шотландской пожарно-спасательной службы. Gordonstoun также одна из первых учредила собственную наиболее успешную программу летней школы для учащихся со всего мира.
В 2019 году Gordonstoun признана проверяющей инспекцией как выдающаяся и лидер отрасли.
Кроме того, Gordonstoun послужила вдохновением для основания Всемирной ассоциации (Round Square), в которую входит 190 школ, разделяющих принципы преподавания социальной ответственности и академического превосходства.